便利な JavaScript ライブラリ Shadowbox が 3.0b へアップグレードされたことに伴い、WordPress Plugins, Shadowbox-JS も 3.0 へアップグレードされました。
何も考えずにダウンロードしサイトの plugins/shadowbox-js へアップしたところ設定画面で WARNING が出まくってます。
チェックボックスにチェックを入れて保存し直すことで WARNING は消えたけどサイトでは Shadowbox が機能していません。

一時、前バージョンにダウングレードし落ち着いて対処を考えることにしました。

確かなことは分かりませんが DB へ保存する内容が変わったようで一度クリーンアップする必要があるようです。

1.前バージョン設定画面で Delete Options for a Clean Uninstall で true を選択し保存。
2.shadowbox-js を deactivate。
3.shadowbox-js 3.0 ファイルをアップロード。
4.shadowbox-js を「使用する」(activate)。
5.設定画面で設定する。

以上の手順を踏むことで使用できるようになりました。
マニュアルなどに書かれているプラグインのアップグレード手順を守りなさいということですね。